Археолошка збирка је у периоду од 2006. до 2009. године била носилац петогодишњег пројекта републичког Министарства за науку и технолошки развој Археолошка грађа – основа за проучавање културног континуитета у праисторији и антици на територији Србије. Пројекат је део дугорочног програмског оквира за разноврсну истраживачку делатност сарадника Збирке и наставника Одељења за археологију, а њиме је руководио др Мирослав Лазић, виши научни сарадник у Археолошкој збирци.

Предмет пројекта је детаљна анализа и публиковање необјављене археолошке грађе са познатих налазишта у Србији и Црној Гори која се чува у Археолошкој збирци. Овим су обухваћени налази различитих праисторијских епоха: из мезолитског и неолитског периода (Кула, Медведњак, Благотин, Винча), периода бронзаног доба (Бањска стена и Магура код Гамзиграда, тумули на Пештеру), као и необјављена грађа из млађег гвозденог доба на Жидовару. Намера је да се научно обраде и објаве резултати археолошких и епиграфских истраживања римских некропола у Коловрату код Пријепоља и Коминима код Пљеваља, као и касноантичке царске палате у Гамзиграду (Romuliana) и сакралног комплекса на Магури. Циљ пројекта је да се, научном обрадом и публиковањем археолошке грађе, што више разјасне и објасне појаве повезане са настанком, развојем и нестанком култура које су цветале на тлу Србије, као и проблеми порекла популација које су настањивале ту територију до појаве Словена.

У оквиру пројекта покренут је часопис Архаика, у коме своје радове објављују, поред сарадника пројекта, многи еминентни домаћи и инострани научници.